PyMOL是一款相当优秀的三维分子模型软件，软件能够用户提供全面的分子可视化系统。使用其集成的光线跟踪图形技术，它可以渲染具有更平滑的表面边界，增强的阴影和反射效果的3D分子结构。软件支持多种图像格式，包括PDB，SDF和电子密度图。
软件特点：
1、提供了强大实用的绘图工具
2、PyMOL支持多种图像格式，包括PDB、SDF
3、生成的PyMOL结构可以导出到VRML
4、PyMOL可以使用各种图像表示方法显示分子数据
5、具有可定制的颜色，结构标签，可调对象透明度，输出和控制大小，自动缩放，文本覆盖和可定制的鼠标控件
软件优势：
拥有相当统一的用户现代化操作窗口
而且该软件的接口可以对TCL、TK的平台上使用
并且对原来的接口进行取代
分布的方式比较的直观，让用户可以清晰的查看到您需要的内容
兼容性比较的强，对各种第三方的插件支持
自定义完成对脚本的支持
可以对可是执行的文件进行快速的开放
pymol安装教程：
Window系统的pymol运行需要依赖python环境，PMW模块。
而Pymol的安装是通过一个python包（Python Wheels）安装的，因此在开始之前，我们需要根据系统的位数（32位还是64位）以及python的版本来选择pymol包进行下载。
比方说，系统是windows 64位，系统中有python 3.7（或者打算安装python 3.7），那么我们就可以有2个选择，可以选择下载pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl或者pymol-2.4.0a0-cp37-cp37m-win_amd64.whl，对应的版本分别是pymol 2.3和pymol 2.4.
好了，背景已经介绍完了，现在进入实操。
1. 安装python环境
1.0 如果系统中已经有了python环境，则跳过这一步。可以通过命令行：python –V来查看python的版本号。
1.1 进入python官网下载windows版的安装包
1.2 注意的是下载的安装包要和windows系统位数对应，x86对应的是32位系统；x86-64对应的是64位系统，我们就以python 3.7为例，由于我们的系统是64位的，所以下载的安装包为：Windows x86-64 executable installer
1.3 下载完成后，双击进行安装，记得勾选上Add Python to environment variables，不然后续命令行操作会出现问题。
1.4 如果安装成功，Win+R，cmd进入命令行，键入python –V就可以看到python的版本号，同时也说明安装成功。如果报错“python不是内部或外部命令，也不是可运行的程序或批处理文件。”那么说明python的地址没有加入环境变量。
2. 安装PMW
命令行键入：python -m pip install pmw
提示说成功安装pmw，Successfully installed pmw-2.0.1
3. 下载并安装pymol包
3.1 根据系统位数和python版本选择某个pymol包进行下载，放在某个磁盘根目录。在这里，我们选择安装pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl，并放在D:/根目录。
3.2 命令行下，将盘符切换到D:盘，键入命令：python -m pip install pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl
提示安装成功
4. 完成，找到pymol主程序的位置
本文中pymol的主程序地址为：C:UsersPython37Scriptspymol.exe
其中红色背景部分应该会与不同电脑设置及python版本相一致。
最终pymol打开的效果图：
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